Refinamiento de aptámeros de ADN: el análisis de la estructura secundaria no siempre es suficiente

Abstract

Los aptámeros son receptores nucleicos con múltiples aplicaciones como agentes terapéuticos, en sistemas de liberación de fármacos, y como reactivos analíticos en métodos de diagnóstico. El proceso SELEX (Systematic Evolution of Ligands by EXponential enrichment) de obtención de aptámeros produce secuencias con estructuras muy variadas que contienen regiones que no están involucradas en el enlace a la molécula diana. La identificación de estas zonas se realiza mediante un proceso de truncamiento empírico tedioso y costoso. Con el fin de agilizar y reducir el coste de este proceso, presentamos un protocolo computacional semiautomático que permite obtener la estructura 3D del aptámero a partir de la cual se puede predecir de forma rápida y fiable el truncamiento más adecuado, estudiar el efecto de los espaciadores y discriminar entre estructuras secundarias energéticamente similares. Estas predicciones se han validado mediante ensayos de enlace con detección por espectroscopia de resonancia de plasmón de superficie (SPR) y cronoamperometría